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pmid:34329340
Identification of serum prognostic marker miRNAs and construction of microRNA-mRNA networks of esophageal cancer.
Yue Jiang · Chengda Zhang · Wenbin Shen · Yiming Li · Yun Wang · Jianjun Han · Tao Liu · Li Jia · Fei Gao · Xiaojun Liu · Mi Chen · Guangming Yi · Hongchun Dai · Jun He
PloS one · 2021 doi:10.1371/journal.pone.0255479
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This study was to gain a better understanding of the mechanisms involved in esophageal cancer and to identify new prognostic markers. We downloaded the esophageal cancer miRNA expression profile microarray data (GSE113740, GSE112264, GSE122497, GSE113486, and GSE106817) from the GEO database, extracted the esophageal cancer miRNA sequencing data from The Cancer Genome Atlas (TCGA) database, and then used a bioinformatics approach to select common differentially expressed miRNAs (DEMs). Differentially expressed genes (DEGs) were selected by predicting DEM target genes using the miRWalk database and intersecting with differential genes obtained from TCGA database for esophageal cancer. The STRING database was used to obtain protein-protein interaction (PPI) relationships to construct the DEM-DEG network. 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GSEA analysis showed that the following genes may be involved in esophageal cancer prognosis: ZBTB16 may through the MTOR signaling pathway, AQP4 through the GNRH signaling pathway, ADCYAP1R1 through the PPAR signaling pathway, VIPR2 through the P53 signaling pathway and PDGFD through the PENTOSE-PHOSPHATE signaling pathway.", "claims": [{"id": "claim-data-access", "statement": "In the GEO search box, we entered “esophageal cancer serum” and “miRNA” and selected human microarray data with sample size greater than 100 and then selected five datasets, GSE113740 [16], GSE112264 [17], GSE122497 [18], GSE113486 [19], and GSE106817 [20], from the same platform GPL21263 (3D-Gene Human miRNA V21_1.0.0), as shown in Table 1, including the serum miRNA microarray data from a total of 5869 healthy controls and 769 patients with esophageal cancer(Exclusion of large deviations from the data set GSE124158).", "kind": "methodological", "target": null, "evidence": [{"asset": "source:pmid:34329340", "locator": "sections[3] \"Data\" paragraph 2", "quote": "In the GEO search box, we entered “esophageal cancer serum” and “miRNA” and selected human microarray data with sample size greater than 100 and then selected five datasets, GSE113740 [16], GSE112264 [17], GSE122497 [18], GSE113486 [19], and GSE106817 [20], from the same platform GPL21263 (3D-Gene Human miRNA V21_1.0.0), as shown in Table 1, including the serum miRNA microarray data from a total of 5869 healthy controls and 769 patients with esophageal cancer(Exclusion of large deviations from the data set GSE124158)."}], "state": "complete"}], "gaps": []}, "experiment": {"state": "complete", "objective": null, "steps": [{"id": "read_published_estimate", "order": 1, "name": "Read the published estimate from the source", "kind": "other", "state": "complete", "blocked_on": null, "description": "The claim, method and evidence span published with the source article.", "duration_hours": null, "parameters": {}, "inputs": ["source:pmid:34329340"], "outputs": ["the published estimate and its evidence"], "instruments": [], "reagents": []}, {"id": "obtain_source_data", "order": 2, "name": "Obtain the source data from the named repository", "kind": "data-preparation", "state": "complete", "blocked_on": null, "description": "The GEO series accession resolves and its sample accessions are listed. 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